В инновационной экономике особую значимость приобретает скорость принятия управленческого решения, что невозможно без достоверной информации. Бухгалтерский учет является основной информационной базой разработки управленческих решений, поэтому все большее число предприятий делает свой выбор в пользу его автоматизации. Разнообразие бухгалтерских программ приводит к необходимости проведения их сравнительного анализа для определения оптимальной программы, учитывающей особенности деятельности конкретной организации. В статье проанализирована структура рынка современных бухгалтерских программных продуктов России, рассмотрены наиболее популярные, изучено мнение специалистов в этой области. Автоматизация бухгалтерского учета материально-производственных запасов изучена с применением наиболее используемых программных продуктов Российской Федерации, выявлены преимущества и недостатки рассматриваемых бухгалтерских программ в этом аспекте. Внедрение автоматизации учета материально-производственных запасов значительно упрощает труд бухгалтеров, исключает ошибки в учете и позволяет оптимизировать деятельность организации во всех аспектах. При этом следует обратить внимание, что программные продукты не заменяют специалистов, поэтому подбор и обучение кадров также оказывают влияние на эффективность автоматизации бухгалтерского учета. Проведенные исследования позволили выявить приоритетные направления совершенствования систем автоматизации бухгалтерского учета. Приведенные результаты анализа могут быть использованы специалистами и руководителями организаций при выборе программ для автоматизации бухгалтерского учета. Кроме того, статья имеет ориентационный характер при работе над составляющими элементами учебных программ для студентов экономических специальностей, обеспечивает актуализацию содержания и структуры дисциплин по автоматизации бухгалтерского учета.